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全国祈祷日由国会于1952年通过立法设立。国会1988年对这部法律进行了修改，把全国祈祷日固定在每年5月的第一个星期四。在全国祈祷日到来前，总统要向全国发表公告，要求民众在这一天走到神的面前祈祷、沉思。

2008年，威斯康辛州麦迪逊的一个由无神论者和不可知论者组成的团体“摆脱宗教基金会”(Freedom from Religion Foundation)把代表联邦政府的总统告上法庭，指责全国祈祷日违反了宪法中政教分离的原则。摆脱宗教基金会认为，宪法第一修正案主张的是政教分离，并且保护公民的信仰自由。也就是说，公民有信仰宗教的自由，也有不信仰宗教的自由。

该基金会的共同会长安妮.劳里.盖洛(Annie Laurie Gaylor)表示，当初把总统告上法庭的原因是，全国祈祷日要求全体美国人在祈祷日那天听从总统的命令，这完全无视占美国人口15%的无神论者的感受。

她说：“对于我们不信教的人来说，总统责令我们去祈祷。不光是祈祷，还设定了一整天去祈祷。我们不仅是被要求每年祈祷一次，还被要求去为什么祷告。这有点儿荒唐。”